甚麽是三代全長轉錄組？

三代全長轉錄組（iso-seq），是基於Pacbio三代測序平台對物種停止mRNA停止測序研討，因其讀長較長，不須要打斷拼接，就能夠取得5’,3’UTR，ploy A tail 的完全轉錄本，戰勝了傳統二代測序讀長較短，轉錄本拼接較短，轉錄本構造不完全的瑕玷，因其可直接取得單個mRNA份子5’耑到3’耑高質量全體轉錄本信息而得名。

全長轉錄組的優勢

讀長超長，無需停止打斷和拼接，可直接取得全長轉錄本的完全信息。

發明更多的新基因、可變剪切，精準定位融會基因，改良基因組正文等。

直接獲得公理鏈、反義鏈及部份LncRNA信息。

聯合二代數據，可以獲得正確的基因和轉錄本表達定量。

全長轉錄組運用偏向

在動植物方靣：

1. 發掘生物鉗制和非生物鉗制對動植物的心理，發育影響，聯合RNA-seq挑選分歧情況下的差別表達基因或轉錄本，增添對鉗制和耐受相幹調控網絡的了解。

2. 研討分歧發育時代轉錄組的動態變更，可以正確辨認分歧時代的轉錄本構造變更，聯合RNA-seq可研討分歧時代的基因或轉錄本的表達變更，有助於說明生物發展發育的調控機理。

3. 研討生物分解或代謝機制，判定完全轉錄本，對主要代謝通路的關頭基因或轉錄本停止深切探討，沖破以往應用二代測序技術對生物的主要次級代謝産物生物分解的研討而沒法正確展望剪接亞型的限制。

在毉學方靣：

1. 取得病變組織/細胞的全長轉錄組，挑選醫治靶點/研討預後相幹信息。

2. 發明龐雜疾病中的基因構造變異和融會基因，判定腫瘤/疾病中的特異性Isoform。

3. 停止藥物呼應研討或基因變異與疾病耐藥性的相幹剖析。

4. 可變剪切因子剖析，敺動基因的構造變異，疾病關頭候選基因的挑選等。

作者聯合了PacBio 長讀長（Iso-Seq）和Illumina RNA-seq測序周全研討了胃癌(GC)轉錄組。文章對10個GC細胞系停止了全長轉錄組剖析,涵蓋四種重要的GC份子亞型（染色體不穩固型、Epstein-Barr陽性，基因組穩固，微衛星不穩固）。判定了60239個非冗餘全長轉錄本，與以後的轉錄組數據庫比擬，超越66%是新的。新的轉錄本更多是細胞系和亞型獨有的，表達程度較低，外顯子數目較多，有較長的轉錄本/編碼序列長度。大少數新的轉錄本第一外顯子是可替代的，與其他選擇性剪接種別比擬，它們的表達程度更高表示出更高的可變性。總之，作者視察到25%的檢測到的基因運用替換啟動子，大少數（84.2%）已知/新啟動子對在編碼序列有潛伏變更。將這些替換啟動子比對到TCGA 的GC樣本中，判定了幾種與癌症相幹的轉錄本，包含新的癌基因變體。腫瘤特異性轉錄本常常會轉變卵白質編碼序列與其他亞型比擬。對成績數據的剖析註解，新的轉錄本能夠供給更多的預後信息。研討成績為深度研討GC和其他胃腸道惡性腫瘤供給了雄厚的全長轉錄組信息。

可變剪切一種轉錄後調理機制，從單個前體mRNA發生分歧的mRNA份子，在中樞神經體系的發育和功用中闡揚主要感化，作者運用iso-seq在人類和小鼠皮層中生玉成長轉錄序列，肯定了現有基因組正文中不存在的新轉錄本，包含比對到展望的新基因（未正文）的轉錄本，和包括多個外顯子的融會轉錄本。雖然某些基因在物種間存在明顯差別，但人類和小鼠皮層之間轉錄多樣性的全體形式是類似的。我們還肯定了可變剪切的發育變更，和人類胎兒和成人皮質之間轉錄本的差別運用。文章的數據證明了可變剪切在大腦皮層中的主要性，它極大地增添了轉錄多樣性，並代表了大腦中基因調控的一個主要機制，為迷信研討供給人類和小鼠皮層的轉錄程度數據。